豆类虽然是营养学家推荐的保健食品，但是它并不完美，含有某些抗营养因素，不仅不利于人体对养分的的消化吸收，而且有害于健康。
抑制剂
隐藏在豆类中的蛋白抑制剂，可以与胰蛋白或抑凝乳蛋白结合，抑制水解蛋白的活性，使胃肠消化蛋白质的能力下降。另外，尚有γ-淀粉抑制剂，使淀粉活性下降，影响人体对碳水化合物的利用效率。
对策：豆类食品务必先彻底煮熟，这也是豆制品比豆类消化吸收率高的奥妙所在。
外源凝集素
豆类中含有植物血球凝集素，与某些糖分子有特殊的亲和作用。人体的细胞膜组织一半是碳水化合物，一旦与植物血球凝集素结合，就会引起细胞的凝集，造成中毒。
对策：煮熟烧透。
植酸
它既可与豆类本身所含的钙、镁结合，生成不能为人体吸收的植酸钙镁盐类，又可在肠道中与其他食物中的钙结合，变成不溶性的植酸钙，导致钙、镁等矿物元素的吸收下降。故长期偏食豆类有导致体内钙缺乏的可能性。 对策：多吃含锌的食品。
寡糖
豆类中含有的产气化合物，吃得过多会造成肠胃胀气的不良感觉。
对策：与其他食物一样，吃豆类也应适可而止。
皂角素
食用后对消化道粘膜有强烈的刺激性。
对策：豆类食品务必先给予彻底煮熟。
多酚
豆类中的抗营养因素之一，主要存在于种皮之中。
对策：将豆类加工成豆浆、豆腐。
