一般人常会问喝咖啡会不会骨质疏松？这可能与美国早期一个研究报告有关。此报告指出，平均每天喝两杯咖啡的妇女，更年期后骨质密度比不喝咖啡的妇女低。但依据美国一个近期的研究显示，当排除抽烟、喝酒、体重及荷尔蒙治疗等因子后，发现停经后的女性长期摄取咖啡因与骨质流失并无关联。
至于钙质的吸收代谢方面，1杯冲煮式的咖啡中所含的咖啡因量，可降低4毫克钙质的吸收，而此量可由1~2茶匙的牛奶轻易的补足。所以，喝咖啡的族群骨质密度会较低，可能与其每日饮食中钙质的摄取量本来就较低较有关系。
高血压的老年人，摄取咖啡因会引起血压轻微的上升，但通常不会持续数小时以上，且此短暂微幅的血压上升，比每日正常活动（如：爬楼梯等）引起的血压上升还要来得低。
